《波普先生的企鵝》是一部以喜劇和家庭為主題的電影。主人公波普先生是一個工作狂，他在公司非常忙碌，但卻忽略了與家人相處的時間。然而，當他積極爭取一位合作伙伴時，他的前妻阿曼達也開始了新的戀情。在一個冬天，波普先生收到了一個快遞箱，里面裝著一只活企鵝。這個意外的繼承讓波普先生的生活發(fā)生了巨大的變化，因為他不僅收養(yǎng)了這只企鵝，還接連收到了其他五只企鵝。企鵝們給波普先生的有規(guī)律的生活和工作帶來了一系列混亂，但他的小兒子卻非常喜歡這些企鵝。然而，在紐約這樣的大城市里養(yǎng)企鵝并不容易。這部電影改編自理查德和佛羅倫薩·阿特沃特共同創(chuàng)作的同名兒童小說，故事充滿了溫馨和幽默。

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波普先生的爸爸是帆船愛好者，成日周游世界很少回家。波普老爸回家總是帶著紀念品帶小波普和波普媽去一家餐廳歡聚。父子倆唯一的聯(lián)系是通過電臺相互呼叫。
波普長大成人在一家地產公司就職，業(yè)績傲人，為了坐上董事會交椅，老股東們?yōu)殡y波普，要他拿下一家餐廳的地。偏巧餐廳老板娘性格偏執(zhí)，必須找到懂得餐廳價值的人才肯出手。同時波普沒有走出家庭陰影的套式，與長期受冷落的妻子離婚，一雙兒女也歸妻子撫養(yǎng)。倆小的也和波普無甚溝通。
波普老爸一命嗚呼，托船員寄給波普最后一件禮物，不想竟是一只活企鵝。波普急忙聯(lián)系船員，結果陰差陽錯，顫抖的訊號讓船員以為波普嫌一只太少。于是，一只變成了6只。波普無奈求助于各種機構弄走企鵝。沒想到兒子女兒特別喜歡企鵝，在兒子生日那天，全家和企鵝玩得不亦樂乎，波普只好與動物園管理員出爾反爾留下企鵝。
家庭與事業(yè)的矛盾讓波普焦頭爛額，企鵝一刻也不想離開波普導致波普洽談生意失敗，還讓人覺得他是個不負責任的人。隨著企鵝產下蛋寶寶，波普的天平傾向了家庭。他足不出戶堅守企鵝蛋，最后因為條件所限，有一只沒孵出來。
處心積慮的動物園管理員乘機勸說波普動物園才是企鵝更好的歸宿，而且企鵝不諳人事，誰有魚就跟誰跑，沒有感情可言。傷心的波普獻出企鵝，重新振作開工。
誰知企鵝的離去，讓前妻和兒女傷心不已，家庭的紐帶又一次崩潰。波普也無可奈何。此時，波普無意中發(fā)現(xiàn)了老爸送企鵝時附上的一封信，茅塞頓開。他急忙拋下收購重要關頭，載著家人去動物園要回企鵝。
沒想到動物園長收養(yǎng)企鵝是為了賣個好價錢去換老虎蜥蜴。經過一番斗智斗勇，企鵝搶回來了，回頭再去會場。動物園長一路緊追還找來了警察，說波普拐帶企鵝。在沙丁魚的誘惑和波普先生誠懇的愛憐眼神中，企鵝們投向了波普。
本以為無力回天，可老板娘卻認出了波普就是總坐在窗口那小男孩，要把餐廳轉讓給他。深受感動的波普在經歷了這場愛的教育后，沒有把餐廳產權交給利益熏心的董事會，而是選擇繼續(xù)讓餐廳營業(yè)。
波普一家護送企鵝來到南極，看著企鵝群自由自在地生活，波普一家無限歡暢。此時，原來那只啞蛋的媽媽，企鵝“船長”又產下一枚蛋，波普將之取名為“禿鷹”——老波普的電臺別號。